Jan Pivoňka ukończył Uniwersytet Chemii i Technologii w Pradze z tytułem magistra chemii fermentacji i bioinżynierii oraz tytułem doktora ze szczególnym uwzględnieniem systemów zarządzania jakością i bezpieczeństwa żywności. Przez ponad dziesięć lat pracował jako audytor bezpieczeństwa żywności, a ostatnio pracuje jako adiunkt w tej dziedzinie na UCT Praga, gdzie jest członkiem rady naukowej wydziału i senatu akademickiego.  Przez ponad 10 lat pracował w grupie laboratoryjnej Eurofins Scientific, w tym 6 lat jako dyrektor na Czechy. Obecnie pracuje jako konsultant dla Federacji Przemysłu Spożywczego i Napojowego Republiki Czeskiej w zakresie jakości i zrównoważonej produkcji i konsumpcji żywności. Jest członkiem wielu komitetów eksperckich w dziedzinie jakości żywności i zrównoważonego rozwoju produkcji żywności oraz wiceprzewodniczącym Towarzystwa Żywienia.